Data Engineer Clinical Bioinformatics

Wat ga je doen

Als data engineer draag je samen met het team de verantwoordelijkheid over de compute infrastructuur die de patiënten diagnostiek binnen de sectie genoom analyse in de afdeling Klinische Genetica mogelijk maakt. In samenwerking met de ICT afdeling van het Amsterdam UMC beheer en onderhoud je ons lokale high performance compute cluster en de cloud infrastructuur. Daarnaast draag je met het team de verantwoordelijkheid over de werking van bioinformatica pipelines die de ruwe NGS data analyseren tot een diagnose voor de patiënt.

Wat we van je verwachten

Wij zijn op zoek naar een gedreven data engineer die in staat is zelfstandig te werken binnen zijn of haar discipline. Als data engineer is het belangrijk dat jij naast technische knowhow ook beschikt over goede communicatieve vaardigheden. Deze vaardigheden zijn van belang binnen een multidisciplinair veld waarbij kennis vanuit verschillende disciplines samen komen om tot de optimale diagnose te komen voor de patiënt. Naast de nauwe samenwerking tussen de verschillende disciplines werk jij nauw samen met de afdeling ICT.

Daarnaast breng jij de volgende kwaliteiten met je mee:

• Een MSc of BSc in bioinformatica, technische informatica of gerelateerde richting;
• Bekwaam met High Performance Computing en cloud computing;
• Bekwaam met job scheduling systems (SLURM / SGE);
• Bekwaam met pipeline frameworks (Nextflow / SnakeMake / Cromwell);
• Bekwaam in UNIX / Linux system administration;
• Bekwaam in scripting taal (Python / Bash / PERL);
• Bekwaam met version control systems (git / mercurial);
• Kennis van kwaliteits systemen en certificering.

Waar ga je werken

Het bioinformatica team is ingebed in de sectie genoom analyse van de afdeling Klinische Genetica. Onze hoofdtaak bestaat uit het analyseren en verwerken van grote hoeveelheden genomics data ten behoeve van directe patienten diagnostiek.

Om deze patienten diagnostiek snel en efficient uit te kunnen voeren, beschikt de afdlingen over geautomatiseerde liquid handling systemen van ondermeer Qiagen, Beckman Coulter en Hamilton. Voor het sequencen beschikken we momenteel over apparatuur van Illumina (HiSeq 4000, NextSeq, MiSeq), Pacifc Biosciences (Sequel II) en Thermo Fischer (Ion S5XL, IonTorrent). Het bioinformatica team beschikt over een eigen 256 core HPC cluster om de grote hoeveelheid data te verwerken. Met deze middelen zijn we in staat om snel en efficiënt meer dan 800 bloed samples te verwerken, met name voor de Niet Invasieve Prenatale Test (NIPT). Daarnaast verwerken we zowel kleine targeted (amplicon) panels als grotere Whole Exome en Whole Genome Sequencing onderzoeken en werken we veelvuldig samen met onderzoeksgroepen aan Liquid Biopsies, CRISPR/CAS technieken en (single cell) RNAseq toepassingen.

Wat we je bieden

Salarisschaal 8: 2688 tot 3604 euro bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring).

Afhankelijk van opleiding en ervaring is inschaling in salarisschaal 9 bespreekbaar (2961 tot 4078 euro bruto bij een fulltime dienstverband).

• Naast een goed basissalaris bieden we onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Wil jij weten wat je gaat verdienen? Bereken dan hier jouw netto salaris (onder voorbehoud).
• Je pensioen wordt opgebouwd bij het ABP. VUmc draagt 2/3e deel van deze premie bij.
• Wij vergoeden 75% van je OV reiskosten.
• In eerste instantie bieden wij jou een jaarcontract, met uitzicht op een vast dienstverband.

Voor meer informatie over onze arbeidsvoorwaarden kijk op onze website.

Een screening kan onderdeel zijn van de selectieprocedure. Het aanvragen van een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag) is voor iedere nieuwe medewerker verplicht.
Klik hier voor meer informatie over de screeningsprocedure en of deze op jou van toepassing is.
Ben je werkzaam in een zorggerelateerde functie, dan is een aanstellingskeuring onderdeel van jouw selectieprocedure.

Laten we kennismaken

Bel ons gerust!
Voor inhoudelijke informatie kun je contact opnemen met Dr. Daoud Sie, via contactinformatie .
Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je contact opnemen met Brend de Jong, corporate recruiter, via contactinformatie .

Je kunt uiterlijk tot en met 19 augustus 2019 solliciteren via de button.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.